Родился в крестьянской семье. Отец — Маркус, мать — Доротея. Окончил гимназию в Линце, учился в духовной семинарии в Трире. Доктор богословия (1923) и доктор философии (1924) (Ягеллонский университет, Краков).
В 1936 году, после подписания договора между Ватиканом и Эстонией, был назначен титулярным архиепископом Адрианополя, оставшись апостольским администратором. Первый католический епископ в независимой Эстонии. После присоединения Эстонии к СССР в 1940 году отказался репатриироваться в Германию (на что имел право как немец) и остался со своей паствой.
27 июня 1941 года был арестован по обвинению в шпионаже в пользу Германии. Вывезен из Эстонии в Киров, где ему были предъявлены новые обвинения — в антисоветской агитации и содействии католическим церковнослужителям в выезде за границу. На одном из допросов показал:
21 ноября 1941года был приговорён к смертной казни. 22 февраля 1942 скончался в Кировской тюрьме до приведения приговора в исполнение.
В 2003 году официально начался процесс беатификации (причисления к лику блаженных) епископа Эдуарда Профитлиха. В Таллинском храме есть памятная табличка в его честь.