Так как его мать страдала душевной болезнью, в 1792 году стал регентом. Спасаясь от французов, в 1807 году отправился в Бразилию, предоставив управление Португалией нелюбимому народом англичанину Бересфорду. Став после смерти матери в 1816 году королём, Жуан оставил Бразилию своему сыну дону Педру, а сам в 1821 году вернулся в Лиссабон и признал принятую кортесами испанскую конституцию 1812 года.
Отменив её в 1823 году, ему, однако, не удалось удовлетворить абсолютистов, во главе которых стояли королева Карлота и его сын дон Мигел. Мигел собирался устранить отца, но его замыселу не удалось осуществиться и он был изгнан, после чего снова была введена конституция. 13 мая 1825 году Жуан должен был признать независимость Бразилии под властью своего сына дона Педру (император Педру I Бразильский) и отказаться от прав на бразильский престол.
С 1790 года Жуан был женат на Испанской инфанте Карлоте Жоакине (1775—1830), дочери Карла IV. В браке родились: